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(1) 농업회사법인의 법인세의 감면
① 감면세액
■ 농업소득의 법인세 100%
■ 농업외 소득의 법인세 50%
② 농업소득
농업소득에 대하여는 세액의 전액을 면제한다.
농업소득은 전, 답, 과수원 등의 경작재배업에서 발생하는 소득
③ 농업외 소득 = 축산업에서 발생된 소득
농업회사법인이 영위할 수 있는 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 50%을 감면하되, 감면기간은 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년에 종료하는 과세연도까지만 감면됨.
농업회사법인이 영위할 수 있는 사업은 전술한 2.와 같음.
만약 사업개시일부터 5년이 되는 때까지 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도와 이후 4년간 감면됨.
최저한세의 적용대상이 됨(과세표준 7% 보다 결정세액이 적으면 안됨)
(2) 농업회사법인의 배당소득에 대한 과세
① 농업회사법인의 배당소득에 대한 과세기준
■ 농업소득에서 발생한 소득에 대한 배당금은 전액 비과세
■ 농업소득외 소득에서 발생한 배당금에 대하여는 14% 분리과세
② 여기서 농업소득외 소득은 농업회사법인이 운영할 수 있는 사업에서 발생된 소득을 말 함.
③ 지방소득세(구 주민세)도 과세됨
④ 이자소득, 자산처분이익 등 농업회사법인이 운영할 수 있는 사업 이외의 소득에 대하여는 종합과세됨. (이하 "기타 농업소득외 소득"이라 함)
⑤ 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득
= 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 농업외 소득금액 (농업소득금액＋농업소득외 소득금액＋기타 농업 소득외 소득금액)
⑥ 이 소득에 대하여는 14%의 소득세가 과세되며, 다른 소득과 합산하지 않음.지급시에 14%를 원천징수하며, 조합원은 별도 신고하지 않음.
⑦ 각 소득금액은 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 해당하는 분으로 하며, 각 소득금액이 음수인 경우 "0"으로 본다.
⑧ 농업소득에서 발생한 배당소득
= 농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 농업소득금액 (농업소득금액＋농업소득외 소득금액＋기타 농업 소득외 소득금액)
⑨ 농업소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 소득세의 전액 면제
(3) 부동산의 취득세 및 등록세
① 농업회사법인과 영농조합법인이 영농에 사용하기 위하여 설립 후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.
② 2년이 경과한 이후 또는 영농에 사용하지 아니하는 부동산에 대하여는 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하 기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.
③ 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 와 등록세를 추징한다.
(4) 법인설립시 법인등기의 등록세
영농조합법인, 농업회사법인,「수산업법」에 의한 영어조합법인의 설립등기에 대하여는 등록세를 면제한다.
(5) 재산세
과세기준일 현재 영농ㆍ영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
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